پنتوپرازول به شکل گاسترورزیستنت (Gastroresistant) ساخته می شوند. به این معنی که برای پیشگیری از خراب شدن دارو به دلیل تماس با اسید معده، روکش پلی مری خاصی بر روی قرص یا ذرات داخل کپسول آن کشیده می شود. این روکشها به گونه ای هستند که در pH های بالای روده باز می شوند ولی در pH های اسیدی معده باز نمی شوند.
بهترین زمان مصرف این دارو نیم تا یک ساعت قبل از غذا می باشد تا هم از افزایش شدید اسید معده بعد از غذا خوردن پیشگیری شود و هم مانع از باز شدن دارو در معده و خراب شدن آن در اثر تماس با اسید معده شود.
